Direkt nach der Geburt lässt sich das Geschlecht schon ziemlich sicher erkennen. Bei Weibchen sieht man in diesem Stadium eine dünne, helle "Linie" zwischen Genital- und Afteröffnung, zudem ist der Abstand zwischen beiden sehr kurz. Bei Männchen ist er etwas länger, dabei fehlt der Strich, statt dessen erkennt man links und rechts der gedachten Linie zwei kleine, hellere Hautareale, in dem bereich, in den später die Hoden absteigen.
Im Alter von knapp zwei Wochen ist die Geschlechtsbestimmung sogar relativ einfach. Die Männchen erkennt man in diesem Alter zwar kaum, dafür ist aber das Haarkleid so weit, dass man bei den Weibchen sehr deutlich die Zitzen sehen kann - wesentlich deutlicher als im späteren Leben der Maus, sollte nicht säugen.
Mit 3-4 Wochen lassen sich die Zitzen häufig deutlich weniger gut erkennen, da Jungmäuse in diesem Alter ein etwas flaumigeres (und sehr gut isolierendes) Fell haben. Dafür kann man nun bei den Männchen die gerade abgestiegenen Hoden gut erkennen (optimal im entspannten Sitzen).
Am einfachsten ist es meiner Erfahrung nach, einfach "ein Auge" auf die Jungen zu haben und sie ab dem Zeitpunkt, zu dem sie ihr Nest von sich aus verlassen, möglichst viel zu beobachten. Nur beobachten, nicht bedrängen. Häufig erkennt man durch zufällige Sichtungen in den verschiedenen Altersstadien dann schon das Geschlecht der einen oder anderen Jungmaus. Sofern sich die Mäuse des Wurfes optisch unterscheiden, bekommt man so schon ziemlich früh heraus, wer was ist, und kann einigen Jungtieren weiteren Stress durch sexen ersparen.
Praktisch ist es auch, wenn Weibchen ihre Jungen (etwa im Sommer) im offenen Nest säugen, oder - noch besser - die Jungen in der ersten Wochen nach Verlassen des Nestes irgendwo im Gehege gesäugt werden, wo auch immer sie die Mutter antreffen und festnageln können. Da die Jungtiere zum trinken oft speichenartig und auf dem Rücken unter der Mutter liegen, kann Mensch dann in aller Ruhe beobachten und unterscheiden.