Wurde denn alles versucht, damit die Atemgeräusche weggehen? Wie lange hast du das Baytril gegeben? Hast du es ihm regelmäßig und in ausreichender Dosierung gegeben? Wie lange hatte er schon Atemgeräusche, bevor du mit der Behandlung begonnen hast? Hast du auch schon ein anderes Antibiotikum ausprobiert?
Ich würde erstmal alle Therapiemöglichkeiten ausschöpfen und wenn alles nichts hilft, darüber nachdenken, ob er die Kastration auch mit Atemproblemen übersteht.