Ich würde es wegen dem Stressfaktor an dem Tag machen, wo Du sowieso die Geschlechter trennst (also am 28. Tag nach der Geburt).
Babymäuse sind ja noch sehr klein, sehr flutschig und können verdammt gut hüpfen. Die erstmal einzufangen bedeutet sehr viel Stress (Für dich, da sie dir imemrwieder abhauen und für die Mäuse antürlich auch).
Wenn Du das also zusammen mit dem trennen erledigst, hast Du und die Mäuse den Einfangenstress nur einmal (anstatt zweimal oder noch öfter).
Ich würde so vorgehen:
Die Mäuse von jemand mit Ahnung trennen lassen (Tierarzt, ein Halter, der sicher trennen kann...). den Mädchenkäfig sauber machen. Die Unterbringung für die Jungs auch neu einrichten. Beidesmal benutztes Streu untermischen, damit sie noch etwas Gruppenduft zum Orientieren haben. Mäuse zurücksetzen =)
Lumi