Käfigreinigung
Je nach Gehegegröße sollte man alle ein bis zwei Monate einen kompletten Streuwechsel durchführen, vorausgesetzt man säubert mindestens einmal wöchentlich die Pipiecken, Etagen ohne Streu, Sandbad und andere Ort, wo sich Exkremente ansammeln.
Dabei sollte beachtet werden, dass kleine Gehege öfters gesäubert werden müssen als große. Bei einer zu hohen Reinigungsfrequenz werden die Tiere allerdings unnötig gestresst, da sie den für sie “fremden” Käfig immer neu mit ihrem Duft markieren müssen.
Teilreinigung
Bei der kleinen Teilreinigung werden Häuser, Äste, Leitern und anderes Inventar mit reinem heißen Wasser oder Essigwasser (und dann klarem Wasser) abgespült und gut trocknen gelassen. Nistmaterial, und altes Heu / Stroh werden entfernt.
:!: Jedes Reinigungsmittel, das etwas aggressiver ist und bei der Rückkehr der Tiere in den Käfig nicht verflogen ist, ist für die Mäusenase unangenehm, kann sogar zu Atmennot führen.
Bei der großen Teilreinigung wird die komplette Streu entfernt, aber Häuser und Inventar nicht abgespült. Dieses Vorgehen hat sich grade bei Gruppen, in denen es Streit geben kann, bewährt, da man dadurch den Gruppengeruch beibehält.

Vorteil bei der Teilreinigung: der Käfig riecht noch nach den Tieren, sie markieren ihr Revier deshalb weniger stark, als wenn es überhaupt nicht mehr nach ihnen riecht.
Komplettreinigung
Eine Komplettreinigung muss vorgenommen werden bei
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einer Vergesellschaftung,
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Parasiten- oder Krankheitsbefall wie Pilzen oder
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wenn man irgendwo im Käfig Schimmel entdeckt: Die Sporen sind sehr schädlich für die Lungen der Tiere
Dabei sollte der komplette Käfig mit Essigwasser oder Käfigrein geputzt werden, Streu, Heu und Nistmaterial werden entsorgt.
Im Fall von Parasiten, Pilz oder Schimmel sollte Inventar aus Stroh oder Gras weggeworfen werden, ebenso wie weitere Käfigeinrichtungsgegenstände, die nicht ausbackbar oder einfrierbar sind.