Nematoden, bei der Ratte mit den Oxyuriden Syphacia muris und Aspiculuris tetraptera vorkommend, sind Schmarotzer des Blind- und Dickdarms.
Im Dünndarm finden sich Nippostrongylus brasiliensis und Nematospiroides, welche bei starkem Befall Durchfall auslösen.
Eine Bekämpfung ist schwierig, da die Wurmweibchen zur Eiablage den Darm verlassen und ihre Eier um den Anus herum absetzen, so dass die Würmer nicht im Darm schlüpfen. Nicht immer sind Nematoden im Kot feststellbar. Es kann daher schwer sein, Eier von Oxyuren durch eine Kotuntersuchung nachzuweisen. Da die Eier sehr leicht sind, können sie durch das Putzen der Ratten mit dem Staub im gesamten Raum verbreitet werden und erreichen dadurch auch Futtervorräte oder andere Käfige (Staubinfektion). Werden Oxyuriden festgestellt, sollten alle Käfige und Gerätschaften gereinigt werden. Das kann mit einem Dampfstrahler erfolgen, der im 2-3 bar-Druckbereich arbeiten sollte. Erkrankte Ratten können mit Fenbendazol behandelt werden. Panacur z. B. ist sehr wirksam und gleichzeitig sehr gut verträglich . Auch eine versehentliche Überdosierung ist bis zu einem gewissen Grad ungefährlich. P. ist als 2,5 %ige Suspension erhältlich, die oral verabreicht werden kann. Die Dosierung beträgt 5 - 10 mg/kg Körpergewicht und soll im Abstand von 10 Tagen wiederholt werden (evtl. 25-50mg/kg)
Syphacia muris ist besonders krankheitserregend, vor allem bei geschwächten Ratten. Befallene Tiere leiden unter Juckreiz im Anusbereich, sie sind unruhig und können auch Durchfall haben. Jungtiere magern durch Störungen des Blinddarms stark ab und verweigern letztendlich das Futter.
Es gibt natürlich weitere Innenparasiten, die häufigsten jedoch sind die oben genannten. Bei allen beschriebenen Symptomen sollte eine Kotuntersuchung vorgenommen werden. Wenn die Herkunft der Ratte nicht klar ist oder sie aus einem Zooladen oder Tierheim stammt, wo sie möglicherweise mehr oder weniger Kontakt mit anderen Tieren hatte, sollte vorsichtshalber eine Kotprobe auf Parasiten untersucht werden. Es kann jedoch sein, daß eventuell vorhandene Nematoden in nur einer Kotprobe nicht festgestellt werden können. Daher kann Panacur auch prophylaktisch verabreicht werden
Gewisse Arten von Würmern können in großer Anzahl auftreten, ohne dass sie auffällige Symptome hervorrufen. Bei einem Befall mit Bandwürmern kann es, je nach Stärke des Befalls, zu blutigem Durchfall, Verstopfung, Abmagerung, Anämie, usw. kommen. Es gibt eine Bandwurmart bei Ratten, die bis 60 cm! lang werden kann (jedoch nur 3-5 mm breit). Sie findet sich im Dünndarm (auch Menschen können infiziert werden!). Im Vergleich dazu gibt es eine andere Bandwurmart, die nur 3-5 cm lang wird, dafür aber etwa 1-2 mm breit ist.