Mäuse sind nicht gemein. Vermutlich hing das Jungtier nur an einer Zitze der Mutter und wurde, als diese das Nest verlies, mitgezogen und dann im Futternapf abgestreift. Sowas kommt vor.
Da Du am kommenden Dienstag (11.03.) ohnehin den ersten Wurf trennen musst, kannst Du dann die jungen Böcke aus diesem Wurf mit dem Vater vergesellschaften. Hast Du inzwischen einen guten Tierarzt? Den wirst Du zum Geschlechtertrennen brauchen. Der TA, der die erste Kastra vorgenommen hat, scheint evtl. nicht so der Hit zu sein - eine Maus hat nur zwei Hoden, da sollte man eigentlich keinen von übersehen.
Seit wann ist der Vater von den Weibchen separiert? Da Du aber beschrieben hast, wie gut er sich um den 1. Wurf mit gekümmert hat, steht vermutlich zu befürchten, dass er die Mutter des ersten Wurfes nachgedeckt hat und da nun noch ein Wurf im Anmarsch ist. Deshalb präventiv: Dein Eigenbau wird auf gar keinen Fall für alle Erwachsenen und ihre drei Würfe ausreichen. Hier ist neu bauen und vergrößern angesagt. Und natürlich: ordentlich sparen, denn es werden eine Menge Kastras auf Dich zukommen (zumindest Kostenbeteiligungen). Machbar ist es aber - bei mir waren die bisher angefallenen Kastras das Äquivalent von 1-2 ausgedehnten Sommerurlauben. Sprich, ein paar Urlaube ausfallen lassen und sich statt dessen an den Mäusen freuen, und schon hat man´s.