Antibiotika können das Knochenwachstum der Jungtiere behindern, und sollten deshalb nicht während der Schwangerschaft oder Säugezeit gegeben werden, das stimmt schon.
Aber auch wenn die Mama noch säugt, würde ich ihr eine Behandlung nicht vorenthalten. Erstmal verbreitet sich so ein Infekt ja doch auch auf die Jungtiere - deren Immunsystem ist meist noch schwach und sie sind daher anfällig. Wenn die Mutter krank ist, hat sie auch weniger Kraft die Jungen aufzuziehen - was den Jungen ja auch wieder schadet.
Bitte sprecht das wenigstens mit dem Tierarzt ab. Wenn euch die Muttermaus stirbt, weil sie keine Behandlung bekommen hat, habt ihr nichts gekonnt. Ich würde hier erstmal auf das Wohl der Mutter schauen. Wenn die fit ist, ist auch die Chance für die Jungen besser.